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 產(chǎn)品選型:                                                                                                                             
高通量測(cè)序

產(chǎn)品介紹：
服務(wù)內(nèi)容：
l 基因組de novo測(cè)序
1  基因組DNA提取
2  構(gòu)建不同長(zhǎng)度的基因組文庫(kù)
3  上機(jī)測(cè)序
4  數(shù)據(jù)處理：去除接頭序列、污染序列等
5  基因組拼裝統(tǒng)計(jì)：原始數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)、測(cè)序深度分析、覆蓋度統(tǒng)計(jì)、GC含量分析等；
6  基因組注釋：基因預(yù)測(cè)、基因功能注釋、重復(fù)序列分析、nocoding RNA注釋等；
7  基因功能分析　GO分析，KEGG通路分析等；
8  比較基因組學(xué)及進(jìn)化分析：物種系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建、基因家族鑒定、基因共線性分析等。
 
l 基因組重測(cè)序
1  基因組DNA提取
2  構(gòu)建基因組測(cè)序文庫(kù)
3  上機(jī)測(cè)序
4  數(shù)據(jù)處理：去除接頭序列、污染序列等
5  序列比對(duì)
6  SNP、 InDel、CNV、SV檢測(cè)等
 
l 宏基因組測(cè)序
1  基因組DNA提取
2  構(gòu)建基因組測(cè)序文庫(kù)
3  上機(jī)測(cè)序
4  數(shù)據(jù)處理：去除接頭序列、污染序列等
5  宏基因組組裝：原始數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)、測(cè)序深度分析、覆蓋度統(tǒng)計(jì)、GC含量分析等；
6  樣品復(fù)雜度分析：將測(cè)序所得Reads與業(yè)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)統(tǒng)計(jì)；
7  物種分類：基因預(yù)測(cè)、相對(duì)豐度計(jì)算等；
 
l 真核生物轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
1  RNA提取
2  構(gòu)建測(cè)序文庫(kù)
3  上機(jī)測(cè)序
4   數(shù)據(jù)分析：
     無(wú)參考基因組的轉(zhuǎn)組分析
Ø 基本數(shù)據(jù)處理（圖像識(shí)別，堿基識(shí)別，測(cè)序街頭序列過(guò)濾，樣品污染可能性檢測(cè)）
Ø 測(cè)序數(shù)據(jù)產(chǎn)量統(tǒng)計(jì)，數(shù)據(jù)成分和質(zhì)量評(píng)估；
Ø Contig及Scaffold長(zhǎng)度分布；
Ø Unigene的長(zhǎng)度分布，GO分類，功能注釋，代謝通路分析，表達(dá)差異分析。
有參考基因組的轉(zhuǎn)錄組分析
Ø 基本數(shù)據(jù)處理（圖像識(shí)別，堿基識(shí)別，測(cè)序街頭序列過(guò)濾，樣品污染可能性檢測(cè)）；
Ø 與參考基因組比對(duì)后的注釋信息；
Ø 基因在基因組上的分布；
Ø 測(cè)序深度分布，測(cè)序隨機(jī)性評(píng)估，基因差異表達(dá)分析；
 
l Small RNA測(cè)序
1  RNA提取
2  連接接頭及純化Samll RNA
3  上機(jī)測(cè)序
4  數(shù)據(jù)處理：去除接頭序列、污染序列等
5  樣品間的公共序列和特異序列的分析
6  Small RNA 與rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA的比對(duì)信息
7  Small RNA 與重復(fù)序列的比對(duì)信息（需提供選定參考基因組對(duì)應(yīng)的重復(fù)序列注釋信息）；
8  Small RNA 與 miRBase 中范圍的已知的 miRNA 的比對(duì)；
9  按照優(yōu)先將 small RNA 進(jìn)行分類注釋； 
10 利用Mireap 對(duì)沒有注釋的small RNA 進(jìn)行預(yù)測(cè)，預(yù)測(cè)新的 miRNA ；
11樣品間miRNA 差異分析（2個(gè)或2個(gè)以上樣品）和聚類分析（3個(gè)或3個(gè)以上樣品) ；
12  MiRNA 靶基因預(yù)測(cè)（需要提供基因編碼序列）；
 
l 簡(jiǎn)化基因組測(cè)序
1  基因組DNA提取 酶切 接接頭
2  上機(jī)測(cè)序
3  數(shù)據(jù)分析
 
未知參考基因組的信息分析流程
Ø 原始數(shù)據(jù)整理、過(guò)濾及質(zhì)量評(píng)估；
Ø 標(biāo)記位點(diǎn)分析（標(biāo)記位點(diǎn)鑒定，SNPs位點(diǎn)與InDel位點(diǎn)鑒定）；
Ø 全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）；
Ø 連鎖分析和QTL定位；
Ø 種群進(jìn)化分析。
已知參考基因組的信息分析流程      
Ø 原始數(shù)據(jù)整理、過(guò)濾及質(zhì)量評(píng)估；
Ø 標(biāo)記位點(diǎn)分析（標(biāo)記位點(diǎn)鑒定，SNPs位點(diǎn)與InDel位點(diǎn)鑒定）；
Ø SNP單體型圖譜分析；
Ø 全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）；
Ø 連鎖分析和QTL定位；
Ø 種群進(jìn)化分析。
 
l 細(xì)菌16S rDNA測(cè)序
 
1  基因組DNA提取 PCR擴(kuò)增
2  上機(jī)測(cè)序
3  原始數(shù)據(jù)整理、過(guò)濾及質(zhì)量評(píng)估；
4  OTU列表生成及注釋；
5  豐度分析（Alpha多樣性分析、物種豐度差異分析、聚類分析）；
6  群落結(jié)構(gòu)分析（單樣品物種分布、 多樣品物種分布、含進(jìn)化關(guān)系的
物種分布、Beta多樣性分析）。
服務(wù)說(shuō)明：
1、提供實(shí)驗(yàn)材料，其必須保證新鮮，請(qǐng)您采樣后立即放入液氮中速凍或加入樣品穩(wěn)定劑。
2、如果提供DNA，我們要對(duì)其進(jìn)行評(píng)估。基因組DNA無(wú)明顯降解，濃度≥500 ng/ul，總量
   大于30μg。
3、如果樣品可以用Trigol法提總RNA ，也可以將樣品研磨后放在 Trigol中。
4、如果提供RNA，我們需要我們?cè)u(píng)估請(qǐng)?zhí)峁舛?ge;500 ng/ul，總量≥20 ug 的total RNA樣品
   樣品請(qǐng)去蛋白并進(jìn)DNase處理。